台灣國產雞蛋上半年產量不足，引發缺蛋及黑市價格問題，農業部因此啟動專案進口雞蛋方案因應，然而近期不僅被發現有進口雞蛋混入國產雞蛋中，台農蛋品標錯效期也導致爭議不斷。對此，農業部長陳吉仲週二（9月19日）請辭獲准，辭令於週四（21日）生效。
綜合媒體報導，陳吉仲在臉書上表示，「近日對於專案進口雞蛋的執行過程，遭到外界不實的抹黑、造謠、指控，而造成社會大眾不應有的恐慌，農業部同仁遭受不應該背負的指責，因此我要一肩扛起責任，讓紛紛擾擾平息，決定請辭農業部長一職」。
他並強調，「面對國內雞蛋供應不足時，專案進口雞蛋確實是為了顧及所有消費者糧食安全，同時不影響國內蛋農生計的一個最佳的作法」。
陳吉仲接著說，「專案進口雞蛋是對消費者和農民權衡之下最好的作法，才能讓消費者吃的到蛋、買的到合理價錢的蛋，也因為有庫存調節機制，不會讓進口雞蛋衝擊國內雞蛋供應市場，保障國內蛋農生計」。
行政院發言人林子倫表示，行政院長陳建仁已指派農業部政務次長陳駿季暫代農業部長，並要陳駿季持續進行社會溝通說明，釐清各界疑慮，並依照原訂規劃，在週四行政院院會時提出進口雞蛋專案的成效檢討與策進作為報告。
除了陳建仁之外，協助雞蛋進口專案的中央畜產會董事長林聰賢也在臉書上表示，因無法阻絕「政治口水的瘟疫」，將請辭董事長一職。畜產會董事長則依董事會程序再行派任。
