鴻海集團創辦人郭台銘週二（5月9日）指控台灣前總統府祕書長李大維替蔡英文政府傳話，要求別買BNT疫苗。然而，台灣媒體《ETtoday新聞雲》於當日晚間發布新聞，稱取得當時BNT寄給郭台銘的英文電郵原文，指BNT直接告知郭台銘「BNT無法出售疫苗給私人部門」，相關爭議雙方各執一詞，讓外界霧裡看花。
針對郭台銘日前指控民進黨政府因堅持與BNT的協議對外需寫上「獨立的台灣政府」（Independent Government of Taiwan），導致購買疫苗的計畫破局。台灣衛福部次長周志浩以及疾管署副署長週三（10日）上午召開臨時記者會秀出了3份捐贈合約與首次採購破局合約，共四大合約全數沒有「獨立台灣政府」字眼，強調當中簽署代表用的都是「Taiwan Centers for Disease Control, Ministry of Health and Welfare, the Representative Agency of the Republic of China （Taiwan）（中華民國台灣衛生福利部疾病管制署）。並沒有要求使用「獨立的台灣政府」等文字，絕無意識形態考量。衛福部稱將在不違反保密條款為前提，揭露契約書上己方已簽署的抬頭欄位，以正視聽。
另一方面，台灣衛福部疾管署稍早的聲明也指出，衛福部與指揮中心之前已多次說明與BNT就訊息公開部分溝通的完整經過，2021年1月8日合約簽署最終階段，德國BNT公司以電郵要求我方刪除「中文」新聞稿提到「我國」之文字，隔日我方就將中文新聞稿提到「我國」的部分改為「台灣」，將更新版本電郵寄送德國BNT 公司，之後便無疾而終，此即印證有「政治外力」影響合約簽署。
