雖然豆製品源自大豆，經過處理後，已去除其中的蛋白酶抑制劑、豆腥味、脹氣因子及植酸等有害成分，保留下來的高品質蛋白質、不飽和脂肪酸、鈣、鉀、大豆異黃酮等營養成分更容易被人體吸收。
豆製品在輔助保護心臟、輔助降低骨質疏鬆和緩解婦女更年期症狀等方面效果顯著。
目前，關於豆製品的質疑主要是在以下幾個方面：
質疑：豆腐中的蛋白質會影響鐵質吸收？
答：經過加工加熱後對鐵吸收影響很小
大豆中影響鐵吸收的主要成分是植酸鹽，但是經過加工（加熱）製成豆製品後，植酸鹽基本上已經被去除，對鐵吸收的影響已經非常小。 有研究證實，大豆蛋白質對改善身體鐵缺乏有正面意義，大豆鐵蛋白仍能有效預防缺鐵性貧血。 因此，不要擔心經常食用豆製品會導致缺鐵。
質疑：經常食用豆製品促使腎功能衰退？
答：反而保護腎功能，延緩腎臟病進程
有人認為豆製品中的蛋白質經過消化分解產生大量的氮，會加重腎臟負擔，其實，與動物蛋白相比，豆製品中的植物蛋白能夠改善腎臟尿液內肌酸酐清除率、尿液肌酸酐、蛋白尿以及 腎功能不全引起的血脂異常，長期食用可保護腎功能，延緩腎臟病的進程。
所以，健康人群每天吃一定量的豆製品不會影響腎功能。
質疑：常吃豆製品會促使動脈硬化？
答：大豆磷脂能促進血液中脂質代謝
有觀點認為，豆製品中的蛋胺酸會轉化為半胱胺酸促使動脈硬化形成。 但是，大豆蛋白能使成人低密度脂蛋白膽固醇降低3%-4%，而大豆磷脂還可以透過促進血液中脂質的代謝，降低血脂和總膽固醇水平，來控制諸如動脈粥狀硬化、肝臟 疾病和高血脂等疾病。 因此，不要因為擔心導致動脈硬化就放棄豆製品的營養。
質疑：大豆異黃酮對女性甲狀腺、乳房不好？
答：這兩個說法都不準確
豆製品所含的大豆異黃酮，是一種相對安全的類雌激素且含量較大豆低，當體內雌激素水平降低時，它會替代雌激素發揮作用，當體內雌激素水平較高時，它 則會產生抗雌激素樣作用。
中、美、日等國家的有關女性乳癌病例對照實驗表明，大豆及其製品的食用可降低停經前女性乳癌發病率，降低乳癌復發和死亡風險。 所以乳腺增生的女性適當食用豆製品對身體是有好處的。
目前大量健康成年男性和女性的臨床試驗證據表明，大豆蛋白和大豆異黃酮對甲狀腺功能均無不利影響。 大豆異黃酮對健康族群甲狀腺功能無影響或影響非常小。 因此尚無研究結果證實食用豆製品對甲狀腺結節有不良作用。
質疑：豆腐含有較多嘌呤，導致痛風發作？
答：二者沒有明顯的相關性
每100克黃豆中的嘌呤含量約200毫克，但是加工成豆製品後，嘌呤的含量會大大降低。 豆類和豆製品促進尿酸排泄作用超過其所含嘌呤導致血尿酸合成增加的作用，是痛風的保護因子。 可適當補充食用豆類及豆製品，豆類及豆製品與高尿酸血症及痛風發作沒有明顯的相關性。 所以痛風患者可以適量吃點豆製品，但急性發作時就不要吃了。
總之，豆製品營養豐富，可以每天食用。 但一次性攝取過多會增加胃腸道的負擔，出現腹脹、腹瀉等症狀，而每天攝取20-25克大豆或對應的豆製品（約相當於140克嫩豆腐、365克豆漿、55 克豆腐乾、175克內酯豆腐、40克豆腐絲、72.5克老豆腐等），對於一般人群來說，既能獲取各種營養，也不至於食用過量而加重消化負擔，更不用擔心各種 健康風險。 每次換著不同的豆製品種類吃，還能讓餐點更豐富多樣。
