受到瑪娃颱風及梅雨鋒面共同影響，日本多個地區在6月2日至3日陸續出現線狀雨帶，災難性降雨致使日本多地泛濫成災，日本氣象廳對關東發布特別警報，除了洪水、土石流災情頻傳，也造成民眾死傷、交通大規模中斷的情形。
日本政府6月2日對近畿（關西）與四國地區發布強降雨警報，包含茨城縣、埼玉縣、千葉縣、神奈川縣、長野縣、奈良縣、和歌山縣、德島等，並發出緊急避難指示，疏散超過4萬名居民。目前愛知縣傳出有1名6旬老翁身亡，當時他被受困在遭淹沒的車子，送醫後搶救不治，和歌山縣目前則有2人失蹤。
而破紀錄的雨量造成多處日本機場及電鐵暫停營運，如連接東京和大阪的「東海道新幹線」，及往返關西機場的JR和南海電鐵皆陸續暫停，通往奈良、和歌山的JR線也全數中斷，目前已知東海道新幹線將在6月3日中午左右恢復營運。另外，日本氣象廳預估，未來關東地區還會出現局部大雨，並伴有雷電發生。
