微波加熱食物方便又快速，但很多人認為微波輻射會污染食物、破壞營養。但有營養師澄清，除了加熱容器的材質需多加注意外，目前尚無研究證實微波會危害健康，營養素的保存率反而比其他料理方式更高。
台灣營養師廖敏涵在社群媒體Instagram帳號「Ruby兔子/營養師」上發文表示，微波加熱通常不需額外加水，因此並不像一般傳統加熱方式，如水煮、油炸、烘烤等，會有營養素嚴重隨水分流失的問題，「反而對營養素的耗損更少！」
此外，也有研究指出，與其他傳統加熱方式相比，微波僅是水份明顯減少，但營養素保存率，如醣類、蛋白質、礦物質等，反而比較高；也有研究比較各種加熱方式，對於蔬菜中植化素和抗氧化能力影響，結果發現，微波和烘烤這兩種方式的蔬菜中，不僅含有較佳的抗氧化能力，且蔬菜中植化素被破壞程度也很小。
目前尚無研究指出微波加熱後的食物會產生有毒成分。營養師表示，以食安角度來看，由於微波加熱的原理，是藉由食物中的水分子短時間激烈震動加熱，加上微波加熱時間較短，相較其他加熱方式，微波加熱的食物較不容易裂變，且成分變化也較為安定。
不過廖敏涵仍提醒，民眾應該注意微波器具的材質，微波雖可穿透許多物質，如玻璃、塑膠、紙類、陶瓷等，但金屬材質，如不銹鋼、鐵、鋁箔紙等則不可使用，因其具反射作用，可能會損傷微波爐。若要使用塑膠微波，也該選擇具耐熱性塑膠。
